قطع هر نوع درخت و آسیب به پوشش گیاهی طبیعی و مصنوع منطقه بدون اجازه سازمان ممنوع می باشد. با توجه به اینکه سازمان در محدوده منطقه آزاد کیش، وظایف و اختیارات شهرداریهای کشور را برعهده دارد عوارض و جرایم مرتبط با قطع درختان و آسیب به پوشش گیاهی بر اساس آئین نامه قانون« اصلاح قانون حفظ و گسترش فضای سبز در شهرها » مصوب 1388/5/13 مجمع تشخیص مصلحت نظام، اخذ می گردد.
حداقل بهای درختان بومی شامل کهور، کنار، لور و آکاسیا مطابق با مصوبه هیات وزیران 75 میلیون ریال بوده که با افزایش سن و محیط تنه درخت مبلغ مذکور افزایش خواهد داشت.
درختان فضای سبز شامل کنوکارپوس، اکالیپتوس، چریش، ابریشم هر اصله 20  میلیون ریال و سایر درختان 10 میلیون تومان تعیین می گردد.
قطع درختان اکالیپتوس واقع در بناهای ساخته شده قدیمی چنانچه منجر به آسیب به ساختمان و نفوذ در لوله های فاضلاب شده باشد با کسب مجوز و بدون پرداخت خسارت بلامانع می باشد.

جابجا نمودن درختان موجود در قطعات واگذار شده صرفا پس از طی روال قانونی مربوطه و اخذ مجوز از اداره محیط زیست مجاز می باشد.

-  انجام فعالیت های مندرج در ردیف های 1 الی 7 صرفا در مراکز و کارگاه های مجاز امکان پذیر می باشد.
-    در صورت تکرار هر یک از تخلفات مذکور، جریمه پایه در مرتبه تکرار ضرب و میزان جریمه نهایی محاسبه خواهد شد.
-    در صورت تکرار تخلفات ردیف های 4- 10- 11- 14 به تعداد 3 مرتبه، مجوز کلوپ باطل و امتیاز آن سلب خواهد شد.
-    در صورتی که انجام هر یک از تخلفات مذکور منجر به خسارت زیست محیطی گردد، میزان خسارت وارده محاسبه و جرایم آن جداگانه اخذ خواهد شد.
-    در صورتی که انجام هر یک از تخلفات مذکور منجر آلودگی شدید محیط زیست و یا تخریب گسترده محیط زیست گردد، (حتی در مرتبه اول) ضمن ابطال مجوزهای صادره، متخلفین به مراجع قضایی معرفی خواهند شد.

میزان جرایم صید و شکار حیات وحش که توسط شورایعالی محیط زیست و یا سازمان حفاظت محیط زیست تعیین می گردد، در سازمان منطقه آزاد کیش نیز به عنوان جرایم مربوطه محاسبه و اخذ خواهد شد. مطابق با مصوبه شماره 442 شورایعالی محیط زیست، بهای برخی از حیات وحش کیش به شرح ذیل اعلام می گردد:

تبصره:
بهای هر عدد نوزاد پستاندار وحشی که در زمان شکار در رحم مادر باشد، معادل بهای پستاندار مربوطه تعیین می گردد.
بهای هر عدد از تخم پرندگان و خزندگان از جمله لاک پشت های دریایی، نصف بهای پرنده و خزنده مربوطه تعیین می گردد.
برداشتن خرده مرجان ها از ساحل، صدف ها، ستاره های دریایی و سایر آبزیان از سواحل حتی به میزان ناچیز ممنوع می باشد. لذا خارج نمودن آبزیان مذکور از جزیره در مبادی خروجی جزیره همچون بندرگاه و فرودگاه امکان پذیر نبوده و در صورت مشاهده توقیف خواهند شد.

مطابق با اصل 45 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، منابع آبهای زیرزمینی از مشترکات بوده و در اختیار حکومت اسلامی می باشد و طبق مصالح عامه از آنها بهره برداری می شود. مطابق با ماده 3  قانون توزیع عادلانه آب حفر هرگونه چاه و بهره برداری از منابع مذکور صرفا با اخذ مجوز از وزارت نیرو امکان پذیر بوده و چنانچه کارشناسان امر، بهره برداری از آبهای زیرزمینی را مضر به مصالح عمومی تشخیص دهند، چاه بدون پرداخت هرگونه خسارتی مسدود شده و با متخلفین برابر با ماده45 قانون توزیع عادلانه آب رفتار خواهد شد.

مطابق با قانون مدیریت پسماند، هرگونه تخلیه نخاله در محیط و حاشیه جاده ها ممنوع می باشد و خودروهای تخلیه کننده پسماند  و نخاله های ساختمانی علاوه بر مجازات های پیش بینی شده در قانون مذکور به یک تا ده هفته توقیف محکوم خواهند شد.

جرایم آلودگی ناشی از دفع غیر صحیح مواد زاید جامد و مایع، جرایم مرتبط با آلودگی صوتی، تخریب خاک، آلودگی هوا ناشی از فعالیت کارگاه های صنعتی و کارخانه ها مطابق با دستور العمل ارائه شده در آیین نامه اجرایی بند (ج) ماده (104) قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری ایران ( مصوبه شماره 59581/ت 23806 مورخ 27/12/1379 هیات وزیران با اصلاحات بعدی) محاسبه خواهند شد.

با توجه با آثار مخرب تردد شناورهای دریایی در مناطق حساس زیستی همچون اکوسیستم های مرجانی، هرگونه تردد از داخل مناطق مذکور و لنگراندازی در آن مناطق ممنوع می باشد. در همین راستا نقشه مناطق حساس زیست محیطی تهیه و به کلیه کلوپ های دریایی و سایر نهادهای مرتبط ابلاغ شده است.

1- هرگونه ساخت و ساز در حریم 60 متری از دریا اکیدا ممنوع می باشد.
2- ساخت و ساز در  حریم 60 تا 120 متر صرفا با سازه سبک مجاز می باشد.( فونداسیون های بتنی و سازه های مشابه، سازه سبک محسوب نمی شوند)
3- ساخت هرگونه پارکینگ خودرو در حریم 120 متر ممنوع می باشد.
4- اجرای جاده های ساحلی صرفا بعد از حریم 120 متری مجاز است.
5-  ایجاد و توسعه فضای سبز در حریم 120 متر ممنوع است.
6- ایجاد تاسیسات خدماتی و رفاهی مانند دکه ها، کافی شاپ ها و آلاچیق های تفریحی در حریم 60 تا 120 متر حداکثر با ارتفاع 3 متر و با سازه سبک و قابل حمل مجاز است.
7- ایجاد هر گونه تغییرات در منظر و سیمای طبیعی ساحل نظیر تراشیدن بستر ساحل و بتن ریزی در ساحل ، ایجاد رمپ بتنی در صخره های منحصر بفرد ساحلی، برداشت ماسه های ساحلی ممنوع می باشد.
8- قطع درختان و بوته های گیاهی خود رو در سواحل که ریشه های آنها موجب تثبیت خاک و جلوگیری از فرسایش سواحل می گردند ممنوع می باشد.
9- تخلیه هر گونه خاک و نخاله در حریم 120 متر ممنوع می باشد.
10 – حفر چاه و برداشت از سفره های آب زیر زمینی در تمامی نقاط جزیره ممنوع می باشد.